Gerade in medizinischen Einrichtungen, in denen viele Erkrankte ein- und ausgehen, ist Hygiene wichtig. Das Gesundheitsamt überwacht und berät Krankenhäuser, Rehabilitationskliniken, Alten- und Pflegeheime, Arzt- und Zahnarztpraxen, Praxen anderer humanmedizinischer Heilberufe sowie sonstige stationäre und ambulant betreuende Gesundheitseinrichtungen. Neben medizinischen Einrichtungen überwacht das Gesundheitsamt auch die Hygiene in Schulen, Kindergärten, Freizeiteinrichtungen, Gemeinschaftsunterkünften, Kosmetikstudios, Tattoo- oder Piercing-Studios. Das Gesundheitsamt informiert darüber, wie man die Weiterverbreitung von Infektionserregern verhindert. Es spricht zum Beispiel Empfehlungen aus und bewertet das Hygienemanagement.

Krankenhäuser und Heime werden regelmäßig routinemäßig aufgesucht. Bei den anderen Einrichtungen erfolgen die Kontrollen anlassbezogen. Primär dienen die Kontrollen der Verhinderung der Übertragung von Infektionskrankheiten. Nicht tätig wird das Gesundheitsamt in Privatgebäuden, solange keine Gefährdung der Öffentlichkeit besteht. Das Gesundheitsamt wird auch nicht im Rahmen privatrechtlicher Auseinandersetzungen, zum Beispiel zwischen Mieter und Vermieter, tätig.